Sekolah merupakan sarana penting yang membutuhkan edukasi mengenai pentingnya menjaga kesehatan. Pasalnya, anak-anak usia sekolah menengah pertama merupakan salah satu kelompok yang sangat peka dalam menerima perubahan, termasuk pendidikan kesehatan. Pentingnya Sekolah Sehat dijalankan oleh PMI, sebagai salah satu upaya membantu kesehatan siswa serta membantu pemerintah.

Berbagai ancaman dari mulai penyakit serta minimnya fasilitas kesehatan dan sanitasi yang memadai di sekolah, ditambah anak-anak usia sekolah merupakan usia paling rentan menjadi salah satu perhatian PMI untuk menjalankan program Sekolah Sehat sejak 2011. Program Sekolah Sehat PMI telah dilakukan di wilayah Kota Semarang dengan menyasar Sekolah Tingkat Dasar dan Sekolah Menengah Pertama.

Program Sekolah Sehat PMI dilakukan melalui kegiatan ekstrakurikuler siswa Palang Merah Remaja atau PMR. Mulai dari PMR Mula (SD), Madya (SMP) dan Wira (SMA). Anggota PMR melakukan sosialisasi dan mengadvokasi pihak sekolah, yaitu Kepala Sekolah, Guru dan Pembina PMR  untuk menjalankan program ini, seperti pentingnya Pendidikan Hidup Bersih dan Sehat (PHBS) serta Pelayanan Kesehatan yang memadai bagi setiap siswa.

Peran PMR dalam program Sekolah Sehat ini tidak hanya berfungsi sebagai kegiatan ekskul semata, namun yang terpenting adalah peran PMR sebagai peer support atau pendukung untuk melaksanakan PHBS bagi teman sebayadi sekolah dan lingkungan mereka. Program Sekolah Sehat akan berhasil apabila setiap sekolah memiliki komitmen.“PMR hanya sebagai pemicu dan merupakan bagian kecil dari Sekolah Sehat ini.  “Selain peran PMR, pihak sekolah harus memiliki komitmen untuk melakukan pemenuhan kebutuhan seperti sarana MCK (Sanitasi) dan tempat cuci tangan yang baik, kebersihan lingkungan (tempat sampat) sampai Unit Kesehatan Sekolah (UKS) yang setidaknya harus memiliki Kotak P3 Standar untuk kebutuhan dasar siswa dalam hal kesehatan serta media promosi kesehatan.

Selain fasilitas kesehatan yang memadai bagi siswa, masyarakat ataupun perusahaan di sekitar sekolah juga dapat menjadi salah satu pendukung, baik dalam membantu kelancaran program atau sebagai penyokong dana kegiatan ditambah pihak sekolah sendiri juga harus melaksanakan penyuluhan, pemeriksaan kesehatan rutin, dan kampanye hidup sehat dan bersih secara rutin bagi siswa.

Sejak Program Sekolah Sehat dijalankan pada tahun 2011, PMI telah berhasil menjangkau 1.000 siswa penerima manfaat setingkat sekolah dasar dan sekolah menengah pertama. Di tahun 2014 ini, PMI bersama dengan dengan Royal Friesland Campina melalui PT Frisian Flag Indonesia (FFI)kembali melanjutkan Program Sekolah Sehat Indonesia, Program SEHATI yang dimulai pada bulan Mei 2014 hingga Desember 2014, dengan jumlah siswa penerima bantuan mencapai 25.000 siswa berasal dari 50 Sekolah Dasar (SD) dan Sekolah Menengah Pertama (SMP) yang tersebar di enam kota di Indonesia, yaitu Jabodetabek, Yogyakarta, Surabaya, Bandung, Makassar, dan Medan.